献腎移植を希望する時には、公益社団法人 日本臓器移植ネットワークへ献腎移植希望登録の手続きを行います。登録には、新規登録料が30,000円、また、1年に1回の更新時に5,000円の更新料を支払います。また、臓器提供を受けた際には（公社）日本臓器移植ネットワークに献腎移植コーディネート料100,000円の支払いが必要です（ただし、次の場合は免除されます。　・移植日より満3か月以内に移植した腎臓の機能が廃絶した場合　・移植者が生活保護世帯または住民税の非課税世帯の場合）。

生体腎移植ではドナーとレシピエントの双方で移植ができるかどうかの検査を行います。この術前の検査費用や手術、入院費用は基本的にレシピエントの医療保険を使うので、ドナーの自己負担はありません。

なお、なんらかの理由で移植に至らなかった場合には、それまでの検査費用に自己負担が発生することがあります。また、移植の医療費に含まれないものの手術のために必要と判断される検査については、別途ドナーへの請求が発生することもありますので、移植を希望する施設へ確認を行いましょう。

特定疾病療養受療証と身体障害者１級の手帳を持つ透析患者は、腎移植をして透析を離脱すると、特定疾病療養受療証が使えなくなりますが、身体障害者1級は継続します。移植後は、自立支援医療制度の更生医療が申請でき、腎移植の入院費や術後の免疫抑制剤などの費用の公費助成を受けられます（患者世帯の所得税額により補助金額変動）。