高額療養費の特例として（一般の高額療養費とは異なる）により保険給付され、透析治療の自己負担は1か月1万円が上限となります。
（一定以上の所得のある人は2万円が上限になります。外来・入院・薬局等、それぞれでの負担となります。また、入院時の食事代は自己負担です。）

障害者・児の身体的障害を軽減させる目的で受ける医療費について、血液透析やCAPDを受けた場合の自己負担分を国制度で助成します。世帯の所得により自己負担があります。
助成を受けるには身体障害者手帳の交付を受け、治療を受ける医療機関が自立支援医療機関の指定を受けていることが必要です。
原則一割負担ですが、低所得者に関しては一定の軽減措置がされており、透析や移植など長期に治療が必要な疾病は、「重度かつ継続」という名称で、減額される経過措置がとられています。

18歳未満（20歳まで延長可能）の透析患者はこの制度でも医療費の助成が受けられます。

身体障害者手帳１，２級（一部の県では３級まで）の障害者が医療を受けた場合に、医療保険や自立支援医療などの自己負担分に対して、各都道府県や市区町村が独自の制度として助成を行っています。入院時食事療養費（食事代）の自己負担分を助成する自治体もあります。
65歳以上75歳未満で後期高齢者医療制度に加入していない患者に対して、助成に一部制限をつけたり、助成の対象としない自治体があります。
この制度は、都道府県または市区町村により、名称、所得制限の有無、助成対象、一部負担金が異なります。

自己負担がない場合の例：65歳未満、市町村民税額（所得割）3万3千円未満の課税世帯の透析患者Ａさん
　 （自立支援医療自己負担限度額5,000円）の場合