腹膜透析の合併症には腹膜炎、カテーテル出口部感染・トンネル感染、被嚢性腹膜硬化症（EPS）などがあります。

カテーテル出口部・皮下トンネル（イラスト）が細菌によって感染を起こす合併症。初期は出口部のみの感染でも、放置しておくと皮下トンネルまで感染が進み、腹膜炎の原因になることがあります。出口部やトンネル部の痛み、赤くなる、腫れる、ジュクジュクする（浸出液・膿・肉芽・血液などが出てくる）といった症状がみられます。
原因は、出口部の汚染、カテーテルを無理に引っ張ったり曲げたりする、テープや消毒薬などによるかぶれ、かき傷、切り傷などが考えられます。毎日の出口部のケアと観察をきちんと行うことが大切です。

腹膜透析の合併症の中でもっとも重篤なもののひとつです。腹膜全体が厚くなり、腸が動かなくなります。進行すると腸が癒着し、腸閉塞になることがあります。症状としては、嘔吐、腹痛などお腹が動かない状態（イレウス）になります。
原因は、長期間にわたる腹膜透析や重篤な腹膜炎の発症、生体適合性が悪い透析液の使用などによる腹膜劣化が続くことで起こるとされています。